De største samlingene etter Gerhard Schøning finnes oppbevart ved NTNU Universitetsbiblioteket og Det Kongelige Bibliotek i København.
Schønings samlinger ved NTNU Universitetsbiblioteket
Gerhard Schøning oppholdt seg i Trondheim i perioden 1739-42 som elev, 1751-65 som rektor og grunnlegger av Selskabet, og 1773-75 under Norgesreisen. Mye av hans etterlatte samlinger ved Gunnerusbiblioteket er fra tiden som rektor og under Norgesreisen. Manuskripter, middelalderdiplomer og gjenstander er blant det historiske kildematerialet som ble samlet inn av Schøning og gitt til Selskabet for oppbevaring.
Med biskop Gunnerus i spissen sto Selskabet på midten av 1700-tallet for en omfattende innsamling av historiske dokumenter og beretninger knyttet til vitenskapelige arbeider innenfor mange ulike fagdisipliner. Prester og andre embetsmenn sendte inn og deltok i arbeidet med å få samlet inn historiske kilder for ettertiden. Særlig innenfor Trondheim stift, dagens Møre og Romsdal og helt nord til Finnmark, er samlingene godt representert fra den tidligste perioden. I dag forvaltes det av Spesialsamlingene ved Universitetsbiblioteket og Vitenskapsmuseet, begge en del av NTNU.
Gerhard Schønings boksamling
Schønings boksamling
Ved Schønings død i 1780 ble det klart at Selskabet var skjenket hele hans boksamling på over 11 000 bind. Biblioteket til Selskabet ble mangedoblet fra ca. 2 700 bind i 1779. Deler av denne boksamlingen ble av tidligere rektor Benjamin Dass (1706-75) gitt til Schøning med det formål å samle videre før den til slutt skulle havne i Trondheim. Trondheim manglet på denne tiden tilgang til litteratur sammenlignet med andre større byer. Et vitenskapelig miljø med de ambisjoner Selskabets medlemmer og flere andre hadde var helt avhengig av tilgang til et stort vitenskapelig bibliotek.
Schønings samlinger ved Det Kongelige Bibliotek i København
Schønings arkiv
Gerhard Schøning ble utnevnt til kongens riksarkivar i 1775. Ved Schønings død i 1780 ble hele hans vitenskapelige arbeid skilt ut og kjøpt opp av Kongen til over 1200 riksdaler. Private eiendeler og boksamlinga ble fordelt mellom enka og Selskabet.
Den vitenskapelige samlingen etter Schøning består av mange titalls arkivesker. Her finnes kladder, notater, brev, manuskripter, tegninger og kart. Innholdet er knyttet til planlagte utgivelser av blant annet Norges historie, Norgesreisen og Trondheim bys historie.
I det resterende vitenskapelige arbeidet lå en del kildeinnsamlinger som ble overført til kongens egen samling, herunder mange middelalderdiplomer som i dag finnes ved Rigsarkivet i København. Det som angikk norske forhold ble etter løsrivelsen fra Danmark i 1814 overført til Riksarkivet i Oslo.